Aquel mismo año 622 un cierto Nabopolasar se rebeló en Babilonia contra el dominio asirio y fundó el imperio neobabilónico. Aliado con los medos, conquistó Assur el año 614 y Nínive el 612. En vano intentó el faraón Necao II acudir rápidamente, el año 609, en ayuda del ya agonizante reino asirio. De todas formas, su marcha sobre Asia tuvo consecuencias decisivas para el reino de Judá. Allí había sido recibida con gran júbilo la noticia de la caída de Asiria y nadie podía desear que se prestara ayuda al antiguo enemigo. Por consiguiente, Josías se propuso detener el avance del ejército egipcio en el paso de Meguiddó (lo que demuestra que pudo apoderarse de algunas regiones del antiguo reino del norte sin verse molestado por los asirios), pero pagó con su vida aquella temeraria empresa.
A partir de entonces los acontecimientos se precipitaron. Egipto no pudo mantener por mucho tiempo su supremacía en Siria-Palestina. El año 605 a. C. el copríncipe babilónico Nabocodonosor tomó al asalto la fortaleza de Karkemis, en el Éufrates y, una vez asegurada su pretensión al trono, reanudó la marcha hacia Palestina. El año 604/603 tuvo que someterse Yoyaquim, rey de Judá, pero tres años más tarde (601) se rebeló de nuevo, tras la derrota sufrida por los babilonios en Egipto. La expedición de castigo enviada contra Jerusalén por Nabucodonosor ya no encontró a Yoyaquim, sino a su hijo Joaquín. Los babilonios conquistaron Jerusalén el 15/16 de marzo del año 597 y efectuaron una primera deportación. Nabucodonosor destituyó a Joaquín y nombró en su lugar a su tío Sedecías. Fue el último rey de la dinastía de David.
Sedecías era un hombre de carácter débil, indeciso y vacilante, tan pronto inclinado al bando egipcio como al babilónico. Abogaba por no rebelarse contra el yugo babilónico sobre todo el profeta Jeremías, pero se alzó con la victoria el círculo palatino de los partidarios de Egipto. Así, pues, Sedecías se sumó a la alianza contra Babilonia encabezada por el faraón Apries (Hofra). Pronto volvió Nabucodonosor y, al cabo de un asedio de año y medio, Jerusalén fue tomada al asalto, el día 29 de julio del 587 a. C. Sedecías fue capturado cuando intentaba huir y trasladado al cuartel general de los baiblonios, instalado en Ribla. Allí mataron a sus hijos en su presencia y luego le sacaron los ojos. Jerusalén fue saqueada y reducida a cenizas y sus habitantes deportados.
A pesar de ello, el trato que Nabucodonosor dispensó a Jerusalén fue relativamente benigno. No se nos dice nada sobre asentamientos de colonos extranjeros. Constituía una especial muestra de benevolencia el hecho de que Nabucodonosor no pusiera al frente de la provincia de Judá a un gobernador babilónico, sino a un ciudadano judío llamado Godolías, hombre cauto, prudente y de nobles sentimientos, amigo de Jeremías, cuyas ideas compartía. Fijó su residencia en Mispá. Bajo su jefatura, tal vez las gentes que habían quedado en el país habrían recobrado muy pronto la paz y habrían podido reemprender sus actividades cotidianas. Pero apenas habían transcurrido tres meses cuando Godolías fue asesinado por un fanático ambicioso de la casa real. Es probable que a raíz de este suceso Judá pasara a depender directamente de la administración babilónica y quedara sometida al gobernador de Samaría.
Dado que los babilonios renunciaron a asentar en el territorio de Judá colonos extranjeros, los pueblos vecinos aprovecharon muy gustosamente la excelente oportunidad de penetrar en aquel espacio diezmado. Llegaron sobre todo edomitas del sur, que se veían a su vez presionados y desplazados por las tribus árabes de los nabateos. Numerosos textos de los profetas y de Salmos reflejan la amargura de los judíos ante las mofas y escarnios de los edomitas.
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